Usługa transportu towarów na terenie państw członkowskich Unii Europejskiej w praktyce nie różni się niczym od innych, standardowych usług wewnątrzwspólnotowych. Zatem aby ustalić zasady opodatkowania, należy odnieść się do art. 28b ustawy o VAT. Zgodnie z nim w przypadku świadczenia usług na rzecz innego podatnika UE, miejscem opodatkowania co do zasady będzie kraj, w którym znajduje się siedziba usługobiorcy.
Wyjątkami są przypadki, gdy:
Natomiast gdyby świadczenie usług wewnątrzwspólnotowych – także transportowych – odbywało się na cele prywatne podatnika lub jego pracowników, lub też na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczych, za miejsce świadczenia i opodatkowania usługi uznaje się siedzibę usługodawcy. Tak wskazuje art. 28c ustawy o VAT, który w dalszych punktach opisuje także wyjątki, analogiczne do tych z art. 28b. I tak, jeśli:
W praktyce dla polskiego przewoźnika oznacza to, że świadcząc usługi transportowe na rzecz podatnika z UE, będzie zwolniony z ich opodatkowania w kraju. Natomiast gdyby usługi były świadczone na rzecz osób prywatnych, niebędących podatnikami (lub niewystępujących jako podatnicy), wtedy polski przedsiębiorca musi zastosować krajową stawkę VAT, czyli co do zasady standardowe 23%.
Warto zwrócić uwagę na sytuację, w której przedsiębiorca świadczy usługę transportu na terytorium UE na zlecenie polskiego podatnika. Transakcja taka, zgodnie z ogólną zasadą, byłaby opodatkowana w kraju usługobiorcy – w Polsce. Zatem w takiej sytuacji przedsiębiorca także powinien wystawić fakturę ze standardową stawką 23% VAT.